【質問内容】
「３令幼虫も手で触れては駄目なのですか？昨年はボトル交換時に手でも何の問題もなかったので、手で交換してましたが幼虫にとって、手で触るのはやっぱり良くないのでしょうか？」

この質問に関して、簡単に回答します。
私が駆け出しブリーダーの頃、情報収集をしていると、「人間の手には無数のバクテリアが付着してるため、直接幼虫を手で触らないようにしましょう」と飼育マニュアル的サイトに記載がありました。
幼虫はデリケートで、死ぬ場合もあるみたいなことが書いてあったように記憶しています。

【考察】
手の汚さ(笑)によるかもしれませんが、手で触ったくらいで死ぬ幼虫は、虚弱幼虫なので、他の要因でも落ちていくのではないかと思います。
幼虫も巨大化してくるとサジで移動するのが難しくなり、私も素手で触ることはよくありますが、何ら問題ないようです。
こう書くと、「waizuが素手で触ってよいと言った」となりますので、飼育途上での基本理念を確認しておきます。
「安全性を保障する根拠が示されていないのであれば、よりリスクの少ない道を選べ！」です。
「これまでたくさんやって大丈夫だから」との論調は、根拠とはなりません。
インフルエンザ患者の中にいても感染したことがないから、自分はインフルエンザには罹らないと言っているようなものでしょう・・・。

【まとめ】
人間の手は、雑菌の温床です。
期待する幼虫への悪影響のリスク軽減のため、使い捨てのビニール手袋などをして、幼虫を触る方がよいと考えられます。
私の場合、35g級には、滅菌済みの手袋を使いたい気分です。